Nach beruflichen Stationen als Stadtplaner in Berlin, als Leiter der Stadtplanung von Stralsund sowie als Leiter der Obersten Denkmalschutzbehörde von Berlin hat Manfred Kühne im Jahr 2008 die Leitung der Abteilung Städtebau und Projekte in der Senatsverwaltung für Stadtentwicklung Berlin übernommen. Er ist Mitglied in der Vereinigung für Stadt-, Regional- und Landesplanung (SRL) und der Deutschen Akademie für Städtebau und Landesplanung (DASL).